永历帝被吴三桂命人用弓弦勒死十一年后，吴三桂打着兴明讨虏的旗号起兵反清。为获得前朝军民的支持，吴三桂来到永历墓前放声痛哭，以致声嘶力竭并多次瘫倒在地。然而吴三桂的惺惺作态，并未获得民众支持。

永历皇帝朱由榔，是南明的第四位皇帝，在位十六年。朱由榔在位时间虽不短，但大部分都用在了逃亡途中。随着清军的不断南下，南明军着节节败退。大势已去的朱由榔希望借助天主教的力量，来助其对抗清军。

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早在永历初期，南明就曾借助葡萄牙的武器收复了不少的失地。当时为感谢西方教会的帮助，永历的嫡母、皇后及太子都进行了洗礼。另外，还有近百名的嫔妃、太监和官员也都接受了西方教会的洗礼，除永历外。

但尽管如此，也未能避免南明的覆灭。明将吴三桂投靠清军后，一直致力于帮助清廷剿灭南明和起义军势力。在清军和吴三桂的共同打击下，永历帝不得不疲于奔命。随着孙可望的降清，南明政权更加难以立足。

李定国率军西走后，永历帝自乱阵脚，急忙命黔国公沐天波派人与缅方接洽。由于沐家世代为大明镇守云南，对缅朝廷相当熟悉。当时的缅方提出南明入缅的队伍要全部解除武装，慌不择路的永历帝满口答应。

获知消息的李定国，急忙派人去接永历帝，后被缅方杀害。当时沐天波建议永历帝将太子留在边界，但被皇后决绝。缅人在阿瓦城外用竹子给永历建立十间草房，其余人等自己想办法解决。此间缅王一直拒绝见永历帝。

两年后，缅王弟弟发动政变成功篡位，开始大肆残杀南明官员。在袭击永历皇帝等驻地时，遭到随行人员夺刀还击，沐天波等人悉数被杀害。而此时清军不断陈兵边界，新缅王为了讨好清廷，将永历帝押送到吴三桂军营。

据记载，当时永历帝朝南而坐，吴三桂麾下的将领先后进来跪拜永历。不久，吴三桂进入帐中，只是傲慢的作揖而已，根本没正眼看永历。永历帝问：“你是谁？”吴三桂沉默不语，心中惭愧故作镇定。

永历帝再问，吴三桂急忙伏跪于地，永历帝第三次问，吴三桂才报上名号。永历帝斥责吴三桂说：“你不是汉人吗？不是大明的臣子吗？为何要叛国负君？你的良心能够自安吗？”吴三桂此时头埋在地一声不吭。

永历叹息的说道：“罢了，我本是北京人，想见十二陵而死，你可以做到吗？”吴三桂答曰：我能做到。然后面如死灰，汗流浃背，被左右搀扶着出去，从此没敢也没脸再见永历帝。死在京城是永历唯一的要求。

永历的这点要求并没有被吴三桂满足，吴三桂害怕押送永历帝进京途中发生意外。于是建议清廷将永历就地处决，清廷很快批准。据记载，在行刑前，吴三桂要求将永历帝等人斩首，当时清军将领爱星阿并不赞成。

爱星阿说：“永历尝为国君，今若斩首，未免太惨，仍当赐以自尽，始为得体”，将领卓罗也说：“一死而已，彼亦曾为君，全其首领可也。”于是永历被抬到一小庙里，吴三桂命人用弓弦将其勒死，南明灭亡。

随后永历的棺木被焚化于昆明北门外，第二天，清军带走大骨以作证据。当地百姓以出城上坟为由，将永历为烧尽的小骨葬于太华山。十一年后，清廷决定撤藩，于是吴三桂诛杀云南巡抚朱国治，起兵反清。

吴三桂打着“兴明讨虏”的旗帜，目的就是要获得南明遗民的支持。在起兵当日，吴三桂向三军将士高呼：“我们身为明人，世代为先朝子民，先朝没有这样的服饰，我即刻祭拜故主，理应易服前往。”

随后吴三桂令三军换上大明服饰，剪去辫子，而后前往永历墓前祭拜。吴三桂长跪在永历墓前，放声痛哭，不停的诉说着自己的各种苦衷，声嘶力竭，如丧考妣，还多次瘫倒在地而不能起。不得不佩服吴三桂的演技。

但人们对吴三桂的惺惺作态的伎俩早是习以为常，对他叛国负君的可耻行为也是嗤之以鼻，根本无法获得前朝志士的拥护和认可。起兵五年后，吴三桂因焦虑过重而在衡州病逝，享年六十七岁，仅做了五个多月的皇帝。

1，康熙虽没让他杀永历，但吴三桂却不知康熙用意如何，万一是试探他是否还对明廷有忠心岂不是大大的不妙？领导者总是会这样，名义上让下级斟酌行事，实际上是看他怎么做事，会不会有私心。与其冒这个险，不如杀掉一了百了，虽说可能会怪罪办事不力，却是表了忠心和明廷划清界限，两者间差别大了。

2，吴三桂引清兵入关当然不止为崇祯复仇那么简单，进可伺机称帝，退可为开国功臣。万一以后有机会称帝的话，一定是以维护汉人驱逐满人为号令，留着个在汉人中号召力比自己强的明朝帝裔在世上，难道以后还要奉他为主吗？相比之下肯定是杀掉好了。

关于你的疑问，其实很好解释，永历帝和隋炀帝毕竟不同，隋炀帝被杀前，还是名正言顺的天子，掌握天下，而永历帝的只受明廷覆灭后的一个小朝廷，就连汉人也不是完全承认他的，至少台湾那边还有个福王朝廷呢。另外根据当时的民心向背，隋朝的灭亡，罪人指向宇文化及，而明的灭亡，却是指向李闯和满清的，于大义上来讲，吴三桂并不是天下头号罪人。当然大义这些东西是欺骗老百姓的，对于很多蛰伏的前明官僚来讲，重新掌握权力需要一个翻身的机会，把永历帝杀掉，其实是迫使他们将吴三桂作为最后一根救命稻草了。